Geschichte
Die San Francisco 49ers waren das erste Profiteam innerhalb der vier großen Sportligen, das von der Westküste der USA kam. Taufpate für den Teamnamen war das Jahr des Goldrausches in der Region, 1849. Die Cheerleader der San Francisco 49ers werden daher auch Goldrush genannt.

1970er
Die Siebziger begannen furios, unter Trainer Dick Nolan konnten die San Francisco 49ers von 1970 bis 1972 den Divisions-Titel in der Western Division der NFC dreimal in Folge sichern. Nach einigen harten Jahren kam dann Edward J. DeBartolo Jr. und kaufte den Club 1977, der Grundstein für den Erfolg in den Achtzigern war gelegt. 1978 folgte das Katastrophenjahr, mit einem Record von 2 Siegen und 14 Niederlagen, sowie 3 Trainern in 12 Monaten. Der zur Saison neu gekommene Trainer Pete McCulley musste bereits nach 9 Spielen gehen (nur 1 Sieg), sein Ersatzmann Fred O’Connor gewann nur eines aus den letzten 7 Spielen und wurde deshalb am Saisonende durch Bill Walsh ersetzt - der zweite Grundstein war damit gelegt. Beste Spieler auf dem Feld waren Quarterback John Brodie, Wide Receiver Gene Washington, Linebacker Dave "The Intimidator" Wilcox, Defensive Tackle Charlie Krueger und Cornerback Jimmy Johnson

1980er 
Nachdem man Ende der Siebziger eines der schlechtesten Teams in der NFL war, kam mit Trainer Bill Walshs Neubeginn die Wende. Unter seiner Regie gewannen die San Francisco 49ers drei Super Bowls zwischen 1982 und 1989 und wurden damit zum Team der Achtziger. Bill Walsh führte mit der Mannschaft die so genannte West Coast Offense ein, die vor allem auf kurzem präzisem Passspiel beruhte, das auch die Running backs und Tight Ends mit vielen Pässen bedachte. So schaffte es Running back Roger Craig als erster NFL Spieler, sowohl über 1.000 yards zu erlaufen, als auch für über 1.000 yards Pässe zu fangen. Folgende Namen stehen für die sportlich beste Zeit der San Francisco 49ers: Quarterback Joe Montana, Running back Roger Craig, Fullback Tom Rathman, Wide Receivers Dwight Clark, Jerry Rice, John Taylor & Freddie Solomon, Guards Randy Cross & Guy McIntyre, Offensive Tackle Keith Fahnhorst, Defensive Ends Fred Dean & Charles Haley, Nose Tackle Michael Carter, Linebacker Jack "Hacksaw" Reynolds, Cornerback Ronnie Lott (später auch Safety), Safety Dwight Hicks, Safety Carlton Williamson, Cornerback Eric Wright und Kicker Ray Wershing.

1990er
Bill Walshs Nachfolger George Seifert verteidigte den Titel 1990 und konnte 1995 den fünften Super Bowl Sieg mit der Mannschaft feiern. Dies war zum damaligen Zeitpunkt NFL-Rekord. Bis Mitte der Neunziger bildete sich auch die Rivalität mit den Dallas Cowboys, da diese beiden Mannschaften u.a. drei Jahre hintereinander, im NFC Championship Game, um den Einzug in den Super Bowl kämpften. Gegen Ende der Neunziger kam das Team in Konflikte mit der Salary cap, einer Vorschrift über Gehaltsbegrenzungen pro Team in der NFL, woraufhin einige namhafte (und teure) Spieler den Club verlassen mussten. Der neue Trainer, Steve Mariucci, sollte es mit vielen jungen Spielern aus der Draft richten, was auch - nach kurzer Aufbauphase - mit der Rückkehr in die Play-offs gelang. Ende der Neunziger wechselte das Team auch den Besitzer von Edward J. DeBartolo Jr. auf seine Schwester Denise DeBartolo und ihren Mann John York. Prägende Spieler: Quarterbacks Steve Young & Joe Montana, Running back Ricky Watters, Fullback William Floyd, Wide Receivers Jerry Rice & Terrell Owens, Guard Guy McIntyre, Tight End Brent Jones, Offensive Tackles Steve Wallace & Harris Barton, Center Jesse Sapolu, Defensive Tackles Bryant Young & Dana Stubblefield, Linebacker Charles Haley, Ken Norton Jr., Bill Romanowski & LB Lee Woodall, Safeties Ronnie Lott, Tim McDonald & Merton Hanks, Cornerbacks Don Griffin, Deion "Prime Time" Sanders & Eric Davis.

Gegenwart 
Nachdem die San Francisco 49ers in der Saison 2002 in den Playoffs erst am späteren Super Bowl Sieger, den Tampa Bay Buccaneers, scheiterten, wurde der populäre Steve Mariucci entlassen und Dennis Erickson als neuer Trainer verpflichtet. Nach zwei schlechten Spielzeiten in Folge (2004 schlechteste Saison seit 1978) wurden Dennis Erickson und Teammanager Terry Donahue Anfang 2005 entlassen. Neuer Coach für die 49ers wurde Mike Nolan, dessen Vater Dick Nolan die 49ers bereits von 1968 bis 1975 trainiert hatte. Nolan scheiterte jedoch am Wiederaufbau des Teams. Nach anhaltender Erfolglosigkeit wurde er Mitte der Saison 2008 durch Mike Singletary abgelöst, was zunächst nur als Interimlösung gedacht war, nach Saisonende aber zu einem festen Vertragsverhältnis wurde. Doch auch Singletary konnte den Posten nicht lange behalten, seine Entlassung kam am vorletzten Spieltag der Saison 2010, in der die 49ers hinter den hohen Erwartungen weit zurück geblieben waren. Singletary verließ die 49ers mit einer Bilanz von 18 Siegen und 22 Niederlagen. Am 7. Januar 2011 wurde Jim Harbaugh als dessen Nachfolger präsentiert. Der vormalige Head Coach an der Stanford University unterschrieb einen Fünfjahres-Vertrag.